เป็นหัวหน้าสาวกทั้ง 12 และเป็นประมุขของคริสตจักรสากล ชาวคาทอลิกเชื่อว่าก่อนที่นักบุญเปโตรจะถึงแก่มรณภาพ ท่านได้ดำรงตำแหน่งเป็นบิชอปของกรุงโรม (Bishop of Rome) ด้วยจนถึงมรณภาพ ดังนั้นใครก็ตามที่สืบตำแหน่งบิชอปแห่งโรม ย่อมเป็นประมุขของคริสตจักรคาทอลิกด้วยโดยอัตโนมัติ นั่นคือเชื่อว่าการดำรงตำแหน่งสันตะปาปาสืบต่อจากนักบุญเปโตรมาจนทุกวันนี้
ระหว่าง 300 ปีแรก สันตะปาปาต้องปฏิบัติงานอย่างซุกๆ ซ่อนๆ ในมหาอาณาจักรโรมัน ในฐานะเป็นประมุขของศาสนาต้องห้าม ส่วนมากถูกจับกุมและถูกลงโทษประหารชีวิต และต่อมาทุกท่านได้รับการยกย่องเป็นนักบุญของคริสตจักรคาทอลิก รวมทั้งนักบุญเปโตรด้วย
เมื่อจักรพรรดิคอนสแตนติน (Constantin) ย้ายราชสำนักไปตั้งนครหลวงใหม่ที่นครคอนสแตนติโนเปิล (Constantinople) ตั้งแต่ปี ค.ศ.330 ได้มอบให้สันตะปาปาปกครองกรุงโรมในนามของพระองค์ตั้งแต่นั้นมาสันตะปาปาจึง ดำรง 3 ตำแหน่ง (แสดงออกเป็นสัญลักษณ์โดยสวมมงกุฎ 3 ชั้น ปัจจุบันเลิกใช้แล้ว) คือ เป็นประมุขของคริสตชนคาทอลิกทั่วโลก เป็นบิชอปของกรุงโรม และเป็นเจ้านครของกรุงโรมขึ้นต่อจักรพรรดิโรมัน ครั้นเมื่อจักรพรรดิโรมันไม่สามารถกุมอำนาจทางตะวันตกได้อีกต่อไป สันตะปาปาก็มีอำนาจปกครองเด็ดขาดในฐานะกษัตริย์หรือเจ้านครรัฐอิสระโดย ปริยาย อำนาจทางการเมืองของสถาบันสันตะปาปา บางครั้งก็ขยายออกไปกินอาณาบริเวณภาคกลางของอิตาลีทั้งหมดบางครั้งขยายไปถึง ภาคเหนือของ อิตาลี จนถึงบางส่วนทางภาคใต้ของฝรั่งเศสด้วยก็มี อาณาเขตเปลี่ยนแปลงเรื่อยมาตลอดยุคกลางตามกระแสเหตุการณ์ของประวัติศาสตร์ อย่างไรก็ตามสถาบันสันตะปาปาตั้งสำนักปฏิบัติการอยู่ในกรุงโรมเสมอ ยกเว้นระหว่างปี ค.ศ.1309-1377 ซึ่งเป็นช่วงที่สันตะปาปาเป็นชาวฝรั่งเศสสร้างถวายให้ แต่ก็ถูกทักท้วงอย่างหนักจนต้องย้ายกลับคืนกรุงโรมและคงอยู่ต่อมาจนทุก วันนี้
อย่างไรก็ตาม เมื่อคาวัวร์ (Cavour) รวมนครรัฐต่างๆ ของอิตาลีเข้าเป็นประเทศอิตาลีได้สำเร็จก็ได้ยึดกรุงโรมจากสถาบันสันตะปาปา และสถาปนาขึ้นเป็นนครหลวงของประเทศในปี ค.ศ.1870 ได้จำกัดเขตสันตะปาปาให้มีกรรมสิทธิ์เฉพาะในกัน เขตวังวาติกัน เท่านั้น ได้รับการทัดทานจากชาวคาทอลิกทั่วโลก ในที่สุดมุสโสลินี (Mussolini) ได้แก้ข้อพิพาทโดยทำสนธิสัญญาลาเตรัน (Lateran Treaty) กับสำนักวาติกันในปี ค.ศ.1929 และแก้ไขในปีค.ศ. 1984 โดยให้สัตยาบันว่า ขอรับรองและค้ำประกันอธิปไตยของนครรัฐวาติกันและให้ความสะดวกอีกหลายๆ อย่าง เพื่อให้นครรัฐวาติกันสามารถดำรงอยู่ได้ในฐานะรัฐอิสระ เหมาะสมที่จะให้สถาบันสันตะปาปาปฏิบัติภารกิจในฐานะประมุขของชาวคาทอลิกทั่ว โลกได้ เหตุที่เรียก สนธิสัญญาลาเตรัน เพราะมีการเซ็นกันที่ พระราชวังลาเตรัน
นครรัฐวาติกัน เป็น รัฐที่เล็กที่สุดในโลกมีเนื้อที่ประมาณ 108 เอเคอร์ หรือประมาณ 250 ไร่ หรือประมาณ 2/3 ตารางกิโลเมตร ตามสนธิสัญญาแห่ง “ลาเตรัน” นครรัฐวาติกันมีอาณาเขตประกอบด้วยวังวาติกัน วังกัสเตลกันดอลโฟ (Castelgandolfo) อันเป็นที่ประทับร้อนอยู่นอกชานกรุงโรมไปทางทิศใต้ มหาวิทยาลัยเกรโกเรียน (Gregorian University) และโบสถ์ 13 แห่งในกรุงโรม เฉพาะวังวาติกันมีเนื้อที่ 150 ไร่ หรือ 2/5 ตารางกิโลเมตร ซึ่งรวมโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ พิพิธภัณฑ์วาติกัน หอสมุดวาติกัน และทีประทับขององค์สันตะปาปาด้วย ภายในบริเวณดังกล่าวยังมีอุทยานวาติกันอันงดงาม มีสถานีวิทยุของวาติกัน มีที่ทำการไปรษณีย์วาติกัน สถานีรถไฟวาติกัน ธนาคารวาติกัน และร้านค้าของวาติกัน ซึ่งปลอดภาษีทุกชนิด แม้นครรัฐวาติกันจะมีการติดต่อทางการทูตกับประเทศต่างๆ ทั่วโลก รวมทั้ง ประเทศไทยด้วย แต่ในนครรัฐวาติกันหามีที่ตั้งสถานทูตไม่ เพราะทูตประจำวาติกันมักจะได้แก่ ทูตประจำประเทศหนึ่งในยุโรป ทูตประจำนครรัฐวาติกันจึงมีที่พำนักอยู่นอกเขตวาติกันทั้งสิ้น